Es waren die geografischen Gegebenheiten, die einfach dafür sprachen, dem Mini-Ort Bad Kleinen einen Maxi-Bahnhof zu verpassen. Als die Zugstrecke Schwerin - Rostock gebaut werden sollte, überlegte man, einen Tunnel oder eine Brücke über den Schweriner See zu errichten. Diese Idee wurde schnell verworfen und stattdessen Bad Kleinen als Eisenbahnknotenpunkt gewählt. Die neue Bahnstrecke war natürlich wesentlich kostengünstiger. Anfang des 20. Jahrhunderts gelangten die Fahrgäste über die Ost-West-Verbindung Hamburg - Lübeck - Bad Kleinen - Bützow in den Nordosten. Von Bützow aus ging es weiter nach Stettin, Warnemünde oder Saßnitz. Zu DDR-Zeit fuhren die Güter- und Personenzüge dann vor allem aus dem Süden der DDR hoch nach Rostock und Wismar.

In die Schlagzeilen geriet der Bahnhof 1993. Die Polizei versuchte die RAF-Terroristen Birgit Hogefeld und Wolfgang Grams festzunehmen, nachdem ein V-Mann die Behörden über ein Treffen informiert hatte. Während der Festnahme konnte Grams fliehen. Bei einem anschließenden Feuergefecht erschoss der Terrorist den GSG 9-Beamten Michael Newrzella auf dem Bahnsteig. Anschließend kam auch Grams ums Leben.