Im Gegensatz zu den anderen Wismarer Stadtkirchen wurde St. Nikolai im Krieg kaum beschädigt, und auch die Jahre der DDR hat sie verhältnismäßig gut überstanden. Trotzdem mussten seit den 1990er-Jahren umfangreiche Sanierungen an den über 600 Jahre alten Mauern vorgenommen werden. 1381 war Baubeginn für die Kirche, 1508 konnte der Turm mit einem 60 m hohen Turmhelm fertiggestellt werden. Knapp 200 Jahre später stürzte dieser jedoch bei einem Orkan ein und zerstörte das Kirchendach, die Mittelschiffsgewölbe und die Inneneinrichtung des Kirchenschiffs. Der Turmhelm wurde nie wieder aufgebaut, die anderen Reparaturen zogen sich bis 1867.

Die meisten mittelalterlichen Ausstattungsstücke in St. Nikolai stammen aus den beiden anderen Stadtkirchen St. Georgen und St. Marien; von Letzterer hat nur der Turmstumpf die letzten Jahrzehnte der DDR überdauert. Das prachtvollste Stück ist dabei der inzwischen restaurierte Hauptaltar von St. Georgen. Mit seiner Breite von mehr als 10,5 m in geöffnetem Zustand und einer Höhe von über 4 m zählt er zu den größten Altären im Ostseeraum.