Besiedelt war die Region an der Warnow schon vor Jahrtausenden. 1927/28 fischte man etliche Waffen aus dem Fluss, deren älteste aus der Zeit um 1600 v. Chr. stammen; andere wurden um die Zeitenwende hergestellt; das jüngste Stück ist ein Wikingerschwert etwa aus dem Jahr 1000 n. Chr. Auch ein Münzfund mit Silberstücken aus dem 8. bis 11. Jahrhundert belegt, dass entlang der unteren Warnow gern gesiedelt wurde.

Die nahe Schwan gelegene Slawenburg Werle war im Jahr 1060 Ort eines dramatischen Geschehens: der Slawenfürst Niklot unterlag hier in einer Schlacht dem Sachsenherzog Heinrich – der Ostkolonisation der deutschen Christen aus den Giebeten westlich der Elbe stand nun nichts mehr im Wege. Wann genau aus dem Burgdorf die Stadt Schwan wurde, lässt sich nicht ermitteln; spätestens 1232 gibt es eine Kirche, und 1276 ist in einer Urkunde erstmals von der Stadt die Rede.

Anstelle der einstigen Burg im Bereich des heutigen Amtsplatzes entstand ein als Schloss bezeichneter Bau, in dem der landesherrliche Vogt residierte. Man riss ihn 1717 ab; die Baustoffe wurden im Schweriner Schloss weiterverwendet. Von der guten wirtschaftlichen Lage der Stadt im Mittelalter künden der einstige Wall mit Graben und drei um 1800 abgerissenen Stadttoren – der Bau und Unterhalt solch einer Verteidigungsanlage kostete viel Geld.

Das heutige Stadtbild wird von der Kirche, dem neugotischen Rathaus und den (Acker-)Bürgerhäusern des 19. Jahrhunderts geprägt. Mit dem Anschluss an die Bahnlinie Hagenow- Schwerin - Rostock 1850 ging ein wirtschaftlicher Aufschwung einher; der Ort wurde auch zum per Bahn und Schiff erreichbaren Ausflugsziel. Die 1928 errichtete Hubbrücke über die Warnow war bis zu ihrer wegen Baufälligkeit notwendigen Demontage 2009 ein technisches Denkmal. 

Einen Namen machte sich Schwaan als Künstlerkolonie, deren Anfänge in den Jahren um 1860 liegen, und die bis zum Ersten Weltkrieg bestand.

Heute ist Schwaan Grundzentrum des gleichnamigen Amtes, zu dem sieben Gemeinden gehören.