Bereits für 1233 ist eine Pfarrkirche für die sich entwickelnde Stadt Ribnitz nachweisbar. Wahrscheinlich handelte es um eine turmlose, dreischiffige Hallenkirche mit einem rechteckigen Chor, von der heute jedoch nur noch einige Mauern im westlichen Teilerhalten sind. Interessant sind bauliche Parallelen zur Nikolaikirche Grevesmühlen und zur Johanniskirche Malchin. Im 14. Jahrhundert erweiterte man die Kirche nach Osten, wobei auch die beiden Spitzbogenportale entstanden. Nach einem Brand 1455 kam es zur umfassenden Erneuerung des Baus, u. a. mit dem fünfseitigen Umgangschor und dem ursprünglich 100 Meter hohen Turm.

Ein neuerlicher Brand zerstörte die Kirche 1759 mit Ausnahme der Grundmauern; der Wiederaufbau erfolgte 1765 bis 1779. 1803 wurde das noch mittelalterliche Querschiff abgetragen, 1818/19 erhielt der noch vom Brand beschädigte Turm das bis heute erhaltene Dach, zu dem sich 1841/41 obenauf die Laterne gesellte. Der Turm ist heute 49 Meter hoch.

Der Zahn der Zeit nagte weiter an St. Marien, sodass zwischen 1955 und 1965 Sanierungsarbeiten im Inneren und am Dach dringend notwendig wurden. Trotzdem kam es 1967 zur teilweisen Zerstörung des Daches – in den Jahren der DDR wurde dem Erhalt von Kirchen angesichts knapper Ressourcen nur wenig Bedeutung beigemessen. Bis 1980 wurde die Kirche mehrfach Opfer mutwilliger Zerstörungen; Taufstein, Gemälde und etliche Orgelpfeifen aus dem 18. und 19. Jahrhundert verschwanden.

Gerettet wurde die Kirche schließlich durch das Sonderbauprogramm für DDR-Kirchen der Evangelischen Kirche (West-)Deutschland. Mit dessen Hilfe konnten ab 1980 unter anderem ein neuer Dachstuhl und ein neues Dach sowie die Einrichtung einer Winterkirche und das Einziehen einer flachen Holzbalkendecke finanziert werden. 1985 nahm die Gemeinde die Winterkirche in Gebrauch; 1991 schließlich konnte der erste Gottesdienst im Kirchenschiff stattfinden. Zahlreiche Bauarbeiten folgten – unter anderem eine neuerliche Dacheindeckung Mitte der 90er-Jahre, da die Qualität des erst wenige Jahre alten Daches sehr schlecht war.

Von der ursprünglichen, mittelalterlichen Ausstattung war bereits nach den Bränden nichts mehr vorhanden, so dürften die 1560 noch verzeichneten 16 vergoldeten zierlichen Altäre beim Brand 1759 zerstört worden sein. Erhalten und restauriert sind jedoch die Kanzel und der große barocke Altaraufsatz aus dem Jahr 1771. 

Der 49 Meter hohe Turm ist über 214 Stufen begehbar und bietet bei gutem Wetter eine Sicht bis zu den Rostocker Kirchtürmen.

Die Jehmlich-Orgel von 1994 ist regelmäßig bei Konzerten zu hören.

"Fischlandglocke" aus Munitionsresten 

Im Turm der Ribnitzer Marienkirche hängt eine bemerkenswerte Glocke: Die "Fischlandglocke" entstand 1946 aus eingeschmolzenen Munitionsreste einer Flakstellung auf dem Darß! In den beiden Weltkriegen hatten vier Glocken den umgekehrten Weg gehen müssen, nur eine historische blieb erhalten. Neben dieser und der "Fischlandglocke" klingen seit 2006 auch zwei neue Glocken, die über eine große Spendenaktion finanziert wurden.