Mit der Übernahme des lutherischen Glaubens 1549 gab es in Mecklenburg kaum noch katholische Christen; Ende des 17. Jahrhundert sollen es nur noch etwa 20 gewesen sein. Um 1800 wurden mit der katholischen Kirche St. Anna in Schwerin und der katholischen Kirche Ludwigslust die ersten katholischen Kirchen neu errichtet. Grund waren die katholischen Hofbediensteten, die ihre Religion angemessen ausüben können sollten.

Durch den Zuzug von Katholiken aus den westlichen Regionen Deutschlands und von Saisonarbeitern aus Polen und anderen (süd-)östlichen Ländern stieg die Zahl der dauerhaft bzw. zeitweise in Mecklenburg lebenden Katholiken, sodass mehrere katholische Gemeinden ein eigenes Gotteshaus bauten oder angekaufte Gebäude umgestalteten. Dies war nach Neustrelitz (1875), Goldberg (1925), Boizenburg (1928) und Güstrow (1929) auch in Waren an der Müritz der Fall.

Zunächst gab es ab 1891 in der Schnitterkaserne Groß Vielist bei Waren katholische Gottesdienste für die polnischen Arbeitskräfte. In der Stadt selbst wurde die erste nachreformatorische katholische Messe am 11. April 1898 in der Bahnhofstraße 26 gefeiert. 1902 musste bereits der Saal des Bahnhofshotels gemietet werden, und 1907 kaufte die Gemeinde ein Grundstück an der Kietzstraße. Zum Kirchenneubau kam es jedoch erst zehn Jahre nach dem Ersten Weltkrieg: Die Grundsteinlegung war 1928, die Einweihung konnte im September 1929 gefeiert werden.

Die katholische Kirche wurde nach Plänen des Paderborner Architekten S. Sonnen gebaut. Auffallend ist die Dachkonstruktion, die von außen an einen umgedrehten Schiffskörper erinnert. Im Inneren fällt die Kreuzigungsgrupp mit Johannes und Maria, sowie der Figur des hl. Josef und der hl. Maria ins Auge. Sie ist aus Teakholz gefertigt und stammt vom Künstler Rudolf Brückner-Fuhlrott. Die Orgel ist ein Instrument der Dresdener Firma Jehmlich.