Mitte des 13. Jahrhunderts gründeten deutsche Siedler den Ort Waren in der Nähe einer Fürstenburg, die sich auf einem bereits lange existierenden slawischen Siedlungsplatz erhob. Die Marienkirche steht in jenem Teil der Stadt, der unterhalb dieser Burg lag; der Feldsteinchor der Kirche soll Teil einer Burg-Kapelle vor 1225 gewesen sein. 

Immer wieder wüteten im Laufe der Jahrhunderte Feuersbrünste, die auch die Marienkirche in Mitleidenschaft zogen. Ende des 17.Jahrhunderts, als die Stadt ohnehin mit den Folgen des Dreißigjährigen Krieges zu kämpfen hatte, fehlte die Kraft, die Marienkirche – die damals nicht wie die Georgenkirche auch Pfarrkirche war – wieder aufzubauen. Erst 1739 erhielt die inzwischen fast zur Ruine verfallene Kirche ein neues Dach und das Kirchenschiff einen neuen Ostgiebel. 50 Jahre später begann schließlich die gesamte Sanierung und Neuausstattung, in deren Zuge aus der einst dreischiffigen Kirche eine einschiffige wurde. 100 Jahre nach dem letzten Brand wurde 1799 abschließend ein neuer Turmhelm aufgesetzt.

Von 1996 bis 2011 erfolgte eine vollständige Außensanierung von Kirchenschiff, Chorraum und Sakristei sowie die Neugestaltung des Nord- und Südportals. 2012 wurden die Chorfenster saniert und sämtlicher Fenster im Kirchenschiff erneuert.