Mit dem Ende der Eiszeit vor rund 10.000 Jahren begann die Besiedlung der Müritz-Region. Um das Jahr 1000 n. Chr. waren hier slawische Stämme zuhause, von denen bis heute Burgwälle und zahlreiche Siedlungsspuren erhalten sind. Anfang des 13. Jahrhunderts kamen deutsche Siedler in die Gegend und gründeten – oft in unmittelbarer Nachbarschaft zu den slawischen Orten – erste Städte.

Das heutige Waren geht auf Einwanderer aus Westfalen zurück, die sich hier an der Handelsstraße zwischen Wismar und dem Stargarder Land an einer bereits bestehenden slawischen Burg niederließen. Es bildeten sich zwei Siedlungskerne heraus: rund um die Marienkirche, deren benachbarte Burgstraße noch auf die frühere Festung hinweist, und rund um die Georgenkirche. Um 1325 vereinten sich die beiden Stadtkerne, und das von einer Stadtmauer umgebene mittelalterliche Straßenraster blieb trotz sieben großer Brände bestehen.

Diese Brände zwischen 1569 und 1694, die europäischen Kriege und die Pest zerstörten die Stadt weitgehend und ließen sie wirtschaftlich am Boden liegen. Erst im 19. Jahrhunderts erholte sich Waren allmählich. Es erfolgte der Anschluss ans regionale Chaussee-, Zug- und Telegrafennetz; Wasser- und Gaswerk wurden gebaut. Wegen der reizvollen Lage in wasser- und waldreicher Umgebung und der guten Luft kamen die ersten Gäste – die Stadt wurde zum Kurort.

Große Teile der historischen Altstadt fielen in den 1970er-Jahren der Verkehrsplanung zum Opfer. Erhalten sind jedoch u. a. das Alte und das Neue Rathaus aus dem 15. Jahrhundert bzw. von 1862 sowie Fachwerkgebäude wie das Haus des Gastes vom Ende des 18. Jahrhunderts. Ab 1991 wurde das verbliebene Altstadtensemble saniert.