Das Innere der Stavenhagener Kirche war bis 1972 durch eine zweigeschossige Empore geprägt, die im östlichen Kreuzarm nur eingeschossig war und dort den Altaraufbau mit dem Gemälde einer Auferstehungsszene einbezog. Das vom damaligen Großherzog Friedrich Franz I. gestiftete Altargemälde stammt vom Mecklenburgischen Hofmaler Johann Heinrich Suhrlandt, der auch am monumentalen Altarbild der Ludwigsluster Stadtkirche mitgewirkt hat. Der Altar selbst entstand 1781 in einer Stavenhagener Tischlerei. 1972 wurde die obere Empore im Rahmen einer Dachsanierung abgetragen und seitdem nicht wieder aufgebaut.

Das älteste Ausstattungsstück der Stavenhagener Kirche ist ein geschnitzter Marienaltar aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts, der noch aus der ersten, mittelalterlichen Kirche stammen dürfte. Er zeigt im Mittelteil die von Engeln umgebene Maria mit dem Jesuskind; in den Flügeln sind in drei Reihen Apostel, Heilige und Evangelisten dargestellt. Der Marienaltar stand seit dem Neubau der Stadtkirche Ende des 18. Jahrhunderts in der Kirche von Pribbenow und kehrte in den 1980er-Jahren nach Stavenhagen zurück, als die Pribbenower Kirche abgerissen wurde.

Etwas jünger ist die um 1600 gefertigte Holzkanzel mit Gemälden der vier Evangelisten, die aus dem Vorgängerbau in die heutige Kirche übernommen wurde. 

Der 1782 in der Rostocker Werkstatt von Paul Schmidt gefertigte Orgelprospekt ist bis heute erhalten. 1861 erhielt die Kirche eine neu gebaute Lütkemüller-Orgel, die 2007 bis 2013 restauriert wurde. Die originalen Prospektpfeifen aus Zinn mussten 1917 zu Kriegszwecken abgeliefert werden. Das gleiche Schicksal ereilte die beiden kleineren historischen Glocken, eine undatierte und eine von 1864. Nur die älteste, 1585 in Neubrandenburg gegossene Glocke ist erhalten; ihr zur Seite erklingt seit 1927 eine Glocke aus einer Lübecker Gießerei.