Die Klosterkirche entstand etwa im Zeitraum 1250/1270. Der 43 Meter lange, einschiffige Backsteinbau war den Regeln der Zisterzienser entsprechend schlicht gehalten und bis in 16. Jahrhundert turmlos. Es muss also zunächst einen anderen Glockenträger gegeben haben, denn es ist eine mittelalterliche Glocke mit einem Durchmesser von 88 cm erhalten. Sie rief die Zisterzienserinnern einst zum Mittagsgebet. Ihre ebenfalls noch vorhandene Schwester stammt aus dem Jahr 1547. Beide werden noch heute bei Bedarf von Hand geläutet. Der Nutzung als Nonnenkloster entsprachen auch architektonische Details der Kirche, so etwa die Nonnenempore, die die Zisterzienserinnen direkt vom Dormitorium erreichen konnten. Sie wurde 1884 abgebaut, um Platz für eine neue Orgel zu schaffen.

Nach der Reformation wurde  aus dem Kloster 1581 ein Damenstift. Die heute noch erhaltene Ausstattung der Kirche geht vornehmlich auf diese Zeit zurück. So sind auf den Seitenflügeln des Altars von 1578 Mecklenburg-Güstrows Herzog Ulrich (1527 bis 1603) und Herzogin Elisabeth (1523/24 bis 1586) dargestellt. Die schlichte Kanzel stammt vom Ende des 16. Jahrhunderts; in der Zeit um 1600  entstand die Fürstenempore mit reichen Schnitzereien. Der 1694 verstorbenen Herzogin Sophie wurde ein Prunkepitaph mit barockem Aufbau und Baldachin gewidmet.

Die Ära des Damenstifts endete 1756, als das herzogliche Dominialamt in die Klosteranlage zog. 1849 wurde das Kloster schließlich privatisiert und die Kirche wurde neugotisch überformt. Nach 1945 diente die Anlage u. a. als Flüchtlingsunterkunft, von 1950 bis 1991 als Jugendwerkhof und Erziehungsheim. Danach standen die Gebäude fast 15 Jahre leer. Die Klostergebäude werden inzwischen gastronomisch touristisch genutzt; die Kirche dient aufgrund ihrer guten Akustik immer öfter als Konzertraum. 

Das Kloster befindet sich seit 2008 im Besitz des Klostervereins Rühn e. V., die Kirche wird durch die Kirchgemeinde genutzt. Die 2009 eingerichtete Winterkirche  ist ein gemeinsames Projekt.

Grabmäler aus vier Jahrhunderten

In der Rühner Klosterkirche sind über 20 Grabmäler aus dem 14. bis 18. Jahrhundert erhalten. Die mittelalterlichen gehörten den Rittergeschlechtern Bibow, Barnekow und Maltzahn, die zu den Stiftern des Klosters zählten. Auch der Rühner Propst Heinrich Mulsow ist hier beigesetzt worden. Die Grabmäler des 16./17. Jahrhunderts sind die der letzten Nonnen, die nach der Reformation im Kloster geblieben und dort verstorben sind. Die „jüngeren“ Grabmäler aus dem 17./18. Jahrhundert schließlich zeugen von den Begräbnissen von Stiftsdamen, den unverheirateten Töchtern mecklenburgischer Adelsgeschlechter.

Die Legende von der „Weißen Nonne“

Der Legende nach hielt sich eine der Rühner Nonnen nicht an das Keuschheitsgelübde und brachte ein Kind zur Welt. Vater soll ein Ritter von Bülow gewesen sein. Zur Strafe wurde sie – so die Sage – lebendig eingemauert. Bei Restaurierungsarbeiten fand man Ende des 19. Jahrhunderts tatsächlich das eingemauerte Gerippe einer jungen Frau. Ist die Legende also wahr? Genau weiß man es natürlich nicht. Wahrscheinlich handelt es sich bei der Wandnische jedoch um das gewöhnliche Grab einer Nonne, die im Kreuzgang beerdigt wurde. Allerdings: Seit Jahrhunderten wird immer wieder die schemenhafte Gestalt einer weißen Nonne gesehen…