Bereits 1219 wurde Brunshaupten als Bruneshovede, „Hof“ oder „Hafen des Bruno“, erstmals urkundlich erwähnt. Damals gehörte ein Teil des Ortes dem Nonnenkloster Sonnenkamp in Neukloster, welches bis zur Säkularisierung Mitte des 16. Jahrhunderts auch das Patronat über die Kirche hatte. Danach ging die Kirche an den Landesherzog.

Durch die Zusammenlegung der drei Orte – Arendsee und Fulgen ohne eigene Kirche –  befindet sich die evangelische Kirche heute nicht im Zentrum von Kühlungsborn, sondern an der landschaftlich schön gelegenen Schloßstraße Richtung Süden.

Aus der Zeit um 1380, als  eine erste kleine Feldsteinkirche von etwa 1220 durch den zum Teil in Backstein ausgeführten Chor  erweitert wurde, stammen noch die Triumphkreuzgruppe und eine Madonnenfigur. Vom Bau des Holzturms Ende des 15. Jahrhunderts kündet die erhaltene Bronzeglocke mit der Jahreszahl 1495. Die beiden vom Kunsthistoriker Friedrich  Schlie um 1900 erwähnten Glocken aus den Jahren 1840 und 1846 sind nicht mehr vorhanden. Über die Jahrhunderte erhalten geblieben sind 42 Kabinettscheiben in den Chorfenstern, die Familienwappen aus der Zeit um1640zeigen.

Die Kanzel wurde 1698 in einer Rostocker Werkstatt angefertigt; sie zeigt Christus als Heiland der Welt sowie die vier Evangelisten und den Jünger Johannes. Vom Barockaltar aus dem Jahr 1707 sind noch fünf Figuren erhalten, die ebenso wie der Taufengel aus einer Lübecker Werkstatt stammen. Der heutige Altar stammt ebenso wie das Lesepult und das Kreuz vom Neubrandenburger Künstler Gerd Frick und steht seit 2012 in der Kirche.

Die Orgel von 1963 wurde im Rahmen der Kirchenrestaurierung im Jahr 2011/12 komplett überholt.