Der holzverschalte Turm mit achtseitigem, überstehendem Zeltdach ist von 1692; Glocke wurde 1612 gegossen. 1723 baute man die Fachwerk-Vorhalle an der Chorsüdseite als Sargkammer; heute wird sie als Gemeinderaum genutzt.

Zu den erhaltenen Ausstattungsstücken zählt ein Epitaph des Berndt von Bülow und seiner Gattin, das sich vor dem Altarraum befindet und auf 1576, aber auch auf 1620 datiert wird. Bei diesem Bülow-Zweig handelt es sich um Vorfahren von Vicco von Bülow, alias Loriot, der die Restaurierung finanziell unterstützt hat.

Zu den sehenswerten Stücken zählt ebenso ein gotischer Altar aus der Zeit um 1450 mit einer „Mondsichelmadonna“ als Motiv; auf den Seitenflügeln finden sich Gemälde aus dem 17. Jahrhundert. Der Altar wurde 1995 restauriert und wieder in seiner ursprünglichen Form zusammengefügt. Seit der Reformationszeit war sein Mittelteil separat an einer Seitenwand der Kirche aufgehängt und durch eine Abendmahlsszene ersetzt. Ebenfalls erhalten sind ein Altar aus dem Jahr 1677 mit Evangelistenreliefs, der Kanzelaufgang aus dem 18. Jahrhundert und ein schwebender, barocker Taufengel, in dessen Kranz sich einst die Taufschale befand.

Besonders beeindruckend sind die im Zuge der Sanierung unter bis zu sieben Farbschichten freigelegten Teile der ursprünglichen Bemalung. Sie zeigen auffällige, bereits in der Entstehungszeit gemalte fratzenartige Eulen und ein Spinnennetz um die Wasserlöcher des Langhauses, einen Christuskopf sowie Tatzenkreuze. Auch die in den Putz geritzten und rot ausgemalten Weihekreuze wurden  wieder erneuert.

Die ursprünglich drei Glocken der Heiligenhäger Kirchen haben das Schicksal vieler Glocken geteilt, indem sie vermutlich im Ersten Weltkrieg eingeschmolzen wurden. Erhalten ist lediglich die älteste und kleinste aus dem Jahr 1612. Ihre Schwestern aus den Jahren 1811 und 1852 existieren nicht mehr.

Von 1974 bis 2002 war Heiligenhagen Exil für die Glocke aus Berendshagen, deren Turm abgerissen werden musste.

In Heiligenhagen schwebt noch ein Taufengel

Im Barock ersetzten in lutherischen Kirchen oft große hölzerne Taufengel die klassische Tauffünte. Die geschnitzten und prächtig bemalten Figuren schwebten an der Decke des Chores und hielten in ihren Händen oder in einem Kranz die Taufschale. Zur Taufzeremonie wurden sie über einen Seilzug herabgelassen. In Mecklenburg sind einige dieser Taufengel erhalten. So schweben sie unter anderem in Hohen Luckow, Heiligenhagen, Rerik, Westenbrügge, Kühlungsborn, Bad Sülze und Rethwisch. Letzterer wurde erst vor wenigen Jahren entdeckt. Unter einem Tuch war er vermutlich seit 1952 in einer Nische auf der Empore verborgen.