Begonnen hatte man nach den Plänen für eine Basilika, von denen um 1315 zugunsten einer Hallenkirche abgewichen wurde. Im Innern ist die älteste Bauphase in den beiden östlichen Langhausjochen noch erkennbar. Ihre besondere Charakteristik erfährt die Bützower Stadtkirche durch den Hallenumgangschor vom Ende des 14. Jahrhunderts mit seinen drei polygonal heraustretenden Kapellen.

Aus diesen frühen Zeiten sind die Bronzefünte von 1474 und der Orgelprospekt von 1490 erhalten. Das Taufbecken wurde wahrscheinlich im Auftrag der Bäcker und Tuchscherer der Stadt gegossen, denn es enthält neben Darstellungen u. a. von Christus und den Aposteln auch die Abbildung einer Schere und von Broten als Innungszeichen. Der erhaltene spätmittelalterliche Marienaltar kam 1503 aus einer Lübecker Werkstatt nach Bützow. Die Kanzel aus dem Jahr 1617 beeindruckt mit ihrem kunstvollen Schnitzwerk, das die Geschichte Gottes und der Menschen darstellt. Beginn der „Erzählung“ ist interessanterweise die Erschaffung der Frau. 1765 ließ der Pastor eine Sonnenuhr am südlichen Außenpfeiler anbringen. Durch die Darstellung der Erdmeridiane sind verschiedene Zeitzonen berücksichtigt, wobei der Schatten immer die Ortszeit anzeigt. Nach ihrer Restaurierung 2009 wurde die Sonnenuhr hinter dem Altar aufgestellt. Den Außenpfeiler schmückt heute eine Kopie. 

Heute gibt es noch drei Glocken: eine inzwischen auf 1486 datierte historische sowie zwei aus dem Jahr 1955.

Nach aufwändigen Sanierungen und Restaurierungen wurde die Bützower Kirche 2007 als Kulturdenkmal von nationaler Bedeutung eingestuft.

Apostel mit Brille

Von den angeblich einst 17 mittelalterlichen Altären der Bützower Kirche ist heute noch der Marienaltar erhalten. 1860 wurde er zwar durch einen neugotischen Altar ersetzt, erhielt aber einen neuen Platz im Chorumgang. Zwischen 1929 und 1931 ließ man ihn in einer Dresdener Werkstatt konservieren und teilweise restaurieren, bevor er wieder nach Bützow kam. Während des Krieges war der Marienaltar Unterlagen zufolge wohl ausgelagert, bis er nach einer neuerlichen Konservierung 1950/51 durch einen Greifswalder Konservator wieder an seinen ursprünglichen Platz im Chor erhielt. 2003 wurde er letztmalig restauriert.

Der vierflügelige Altaraufsatz zeigt im Mittelschrein die tote Maria, umgeben von den zwölf Aposteln. Einer von ihnen trägt unverkennbar eine Brille, womit es sich bei dem Bützower Altar von 1503 um eine der ältesten, wenn nicht um die älteste plastische Darstellung einer Brille handeln dürfte. Ein ebenfalls interessantes Detail sind die (Haus-)Schuhe Marias und ein Nachtgeschirr unter dem Bett.

Entstanden ist der Bützower Altar in einer Lübecker Werkstatt von einem namentlich nicht bekannten Meister. Dank seiner Arbeit für die Stiftskirche Bützow  ist er als „Meister des Bützow-Altars“ bekannt. Ihm werden u. a. auch Teile des Altars der Parchimer Marienkirche zugeschrieben.