Bäbelin wurde 1232 erstmals erwähnt, als der Mecklenburger Fürst Johann I. dem Bischof Brunward von Schwerin dort zehn Hufen verlieh. Der Kunsthistoriker Friedrich Schlie wusste um 1900 zu berichten, dass Bäbelin zu jenen Dörfern gehörte, „aus welchem die wendische (slawische, d. Verf.) Bevölkerung nur mit grösster Mühe durch deutsche Kolonisten hat ersetzt werden können“.

Eine Kirche oder Kapelle wird ab 1306 erwähnt, weshalb das 14. Jahrhundert gelegentlich als Entstehungszeit genannt wird. Die heutige Bäbeliner Kirche ist jedoch ins 15. Jahrhundert zu datieren, der heutige Turm stammt sogar erst aus dem Jahr 1872.

Zum Inventar der Bäbeliner Kirche gehören kleine Glasmalereien aus dem 15. Jahrhundert mit Christus als Schmerzensmann und der Heiligen Katharina als Motiven sowie mit Darstellungen von Bauernfamilien,vermutlich aus dem 17. Jahrhundert. Dem Geschmack der Zeit folgend, erhielt die Kirche 1860 eine neugotische Ausstattung, zu der auch ein Altarbild (1861) von Gaston Lenthe gehört, das die Kreuzabnahme zeigt.

Von den beiden laut Schlie um 1900 noch erhaltenen Glocken ist heute nur die mit 88 Zentimetern Durchmesser etwas größere aus dem Jahr 1723 vorhanden. Ihre kleinere Schwester mit einem Durchmesser von 65 Zentimetern stammte aus dem Jahr 1848; damals war sie aus einer Vorgängerglocke von 1778 umgeschmolzen worden. Über ihren Verbleib geben die Unterlagen keine genaue Auskunft; sie soll im Zweiten Weltkrieg abhanden gekommen sein – vermutlich wurde sie zur Unterstützung der Rüstungsindustrie eingeschmolzen.

Die Jahre der DDR überstand die Bäbeliner Kirche in letztlichsehr schlechtem Zustand. Umfangreiche Sanierungsmaßnahmen innen wie außen brachten Mitte der 90er-Jahre die Rettung. Finanziert wurden die Arbeiten auch mit Unterstützung durch EU-Gelder und durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz.

Heute ist die Bäbeliner Kirche – mitten im Dorf auf einer kleinen Anhöhe gelegen – wieder ein sehenswertes Zeugnis mecklenburgischer Siedlungs- und Kirchengeschichte. Auf dem Friedhof sind einige alte Steine und Kreuze erhalten.