Bereits vor der Gründung des Klosters um 1235 gab es in Rehna eine Pfarrkirche, die baulich wahrscheinlich in die erste Form der Klosterkirche einging. Deren spätromanischer Bau war mit 7,50 Metern Traufhöhe kaum halb so hoch wie die heutige spätgotische Kirche. Mit dem Turm war die Klosterkirche kurz nach 1250 in der ursprünglichen Form fertig. In der ersten Hälfte des 14. Jhdts. erfolgten einige Umbauten, so wurden die Fenster vergrößert. Um 1450 wurden Chor und Langhaus deutlich erhöht und für den Bau eines Gewölbes vorbereitet; wenige Jahre darauf ist der spätgotische Umbau beendet. Der Umbau und die einhergehende neue Ausstattung des Inneren entsprachen dem Zeitgeschmack der hansischen Städte an der Ostsee, hatten das Kloster allerdings an seine finanziellen Grenzen gebracht. Noch heute künden freigelegte und restaurierte Malereien aus der ersten Hälfte des 14. Jhdts. von der Kunstfertigkeit der Handwerker, die einer Lübecker Werkstatt zugeschrieben werden und evtl. auch in der Lübecker Marienkirche tätig waren. Auch Teile des Gestühls sind aus dem 14./15. Jhdt. erhalten.

Der um 1520 für die Klosterkirche gefertigte Schnitzaltar gehört zu den schönsten spätgotischen Werken in Mecklenburg. Er gehört seit 1851 dem Landesmuseum. Der heutige Altaraufsatz ist aus den 1850er-Jahrenund beinhaltet einige der Schnitzfiguren des ursprünglichen Altars. Die Glocke aus dem Jahr 1653 ist eine lothringische Arbeit, die Gießer waren Wanderarbeiter.