Rostocks Nikolaikirche zählt zu den frühen Mecklenburger Hallenkirchen und ist in ihrem Ursprungsbau die älteste erhaltene chorlose Hallenkirche im gesamten Ostseeraum. Hallenkirche bedeutet, dass die Kirchenschiffe die gleiche Höhe haben – im Gegensatz zu einer Basilika, deren Hauptschiff die Seitenschiffe überragt. 

1428 begann man, an das bereits fertige Kirchengebäude einen Chor anzufügen, was die Bauherren vor eine gewisse Herausforderung stellte: Der Platz nach Osten war durch die sich anschließende Straße und die Wohngebäude unmittelbar an der Stadtmauer sehr begrenzt. So kommt es, dass der Chor über die Straße führt und seit Jahrhunderten nur eine kleine Durchfahrt, der "Schwibbogen", Platz für Passanten und Fahrzeuge lässt. Parallel zum Chorbau erfolgten weitere Um- und Anbauten, darunter die Errichtung eines 132 Meter hohen Turms. Leider stürzte das Prachtstück 1703 bei einem Orkan ein; der neue Turm mit barocker Haube maß nur noch 84 Meter.

1942 wurden beim Bombardement der Innenstadt alle Dächer von St. Nikolai zerstört, das Innere wurde ein Opfer der Flammen, der Ostgiebel stürzte ein, Pfeiler und Gewölbe waren stark beschädigt. Trotz der Zerstörungen konnte die Kirche in den 1950er- bis 1970er-Jahren erhalten werden, nicht zuletzt durch Hilfe aus Schweden und Westdeutschland. Genutzt wurde sie schließlich jedoch nicht mehr als Gotteshaus; vielmehr baute man in den Turm und das Dach Büros und Wohnungen ein – ein ungewöhnliches Projekt nicht nur in der damaligen DDR. Anfang der 1990er-Jahre folgte schließlich der Um- und Ausbau des Kirchenschiffs zum Kirchlichen Zentrum als Veranstaltungsort u. a. für Konzerte, Ausstellungen und besondere Gottesdienste.

Von der einst reichen mittelalterlichen, barocken und neuzeitlichen Ausstattung ist bis auf wenige Stücke nichts erhalten. Zu ihnen zählt der ehemalige Hochaltar aus dem 15. Jahrhundert, der seinen Platz in der Marienkirche gefunden hat.