1252 wurde St. Petri als älteste der Rostocker Pfarrkirchen erstmals erwähnt. Damals hatten sich hier deutsche Handwerker und Kaufleute niedergelassen und damit den Ursprung des heutigen Rostocks begründet. Ihre Kirche weihten sie St. Petrus, dem Schutzpatron der Fischer. Von der ursprünglichen Kirche ist nichts erhalten; die heutige entstand ab etwa 1300. Es dauerte rund 200 Jahre und mehrere Änderungen im Bauplan, bis die Kirche samt 127 Meter hohem Turm fertig war. Heute ist der Turm "nur" noch 117 Meter hoch, doch auch damit rangiert er unter den deutschen Top Ten! Ein Grund für die schwindelerregende Höhe war die Funktion des Turmes als Schifffahrtszeichen: St. Petri erhebt sich auf dem Petrihügel direkt über der Warnow, die Kirchturmspitze ist damit bis auf die Ostsee zu sehen!

Der Markt um die Kirche, heute der Alte Markt, verlor im 14. Jahrhundert gesamtstädtisch an Bedeutung, und St. Petri blieb eine vergleichsweise kleine Kirche. Möglicherweise lag das auch daran, dass in diesem Quartier immer die ärmeren Rostocker wohnten, deren Familien aus den ursprünglich hier siedelnden Slawen (niederdeutsch "Wenden") hervorgegangen waren.

Bis zum Bombardement 1942 hatte an der Ecke zur Straße Amberg ein Haus gestanden, dessen Kern bis auf das letzte Viertel des 13. Jahrhunderts zurückgegangen war. Es war viele fast alle Gebäude rund um den Platz im Krieg und in den Nachkriegsjahren verloren gegangen. Im Zuge der Neugestaltung und -bebauung des Alten Marktes ab 1995 konnten Archäologen zahlreiche Erkenntnisse zur Stadtgeschichte machen.

Heute ist der Alte Markt eines von zahlreichen Kleinoden der Altstadt. Die Petrikirche, die in den Bombennächten ausgebrannt war und ihren Turm verloren hatte, konnte bereits in den 1960er-Jahren wieder aufgebaut werden. Ihr Inneres wurde jedoch den Umständen der Zeit entsprechend verändert, so wurden die Arkaden zwischen den Schiffen zugemauert und eine Zwischendecke im Südschiff eingezogen. Lediglich das Nordschiff vermittelt noch einen Eindruck der ursprünglichen Größe. Von den historischen Ausstattungsstücken ist u. a. die bronzene Tauffünte von 1512 erhalten.

Der Turmhelm ragt seit 1994 wieder 117 Meter hoch über die Dächer der Stadt.

Zwischen Kirche und Stadtmauer erinnert ein Denkmal an den Kaplan und Reformator Joachim Slüter, der hier von hier den neuen Glauben verbreitete. 1531 wurde Rostock nicht zuletzt durch sein Wirken offiziell evangelisch. Gott strafte dies – so die Legende – zwölf Jahre später mit einem Blitzeinschlag, der den Kirchturm zerstörte.

Die Kirche ist öffentlich zugänglich; eine Aussichtsplattform in 45 Metern Höhe kann per Treppe oder Fahrstuhl erreicht werden.