Rostocks Wiege stand Ende des 12. Jahrhunderts auf dem Petrihügel. Damals hatte sich auf der Anhöhe über der Warnow eine Siedlung deutscher Handwerker und Kaufleute entwickelt – direkt gegenüber einer slawischen Burg auf der anderen Seite des Flusses. Die seit langem hier ansässigen Slawen hatten sich 1160 einem deutsch-dänischen Heer beugen müssen, das den attraktiven Hafen nahe der Ostsee für einen sächsischen Fürsten eroberte. Ab 1178 wurde die Siedlung wieder aufgebaut, verlagerte sich unter den neuen deutschen Bewohnern nun jedoch auf die westliche Flussseite und erhielt wohl um 1200 das damals gebräuchliche Lübecker Stadtrecht. Am 24. Juni 1218 – bis heute als Datum der Stadtgründung gefeiert – bestätigte der Mecklenburger Fürst Borwin I. lediglich die schon vorhandenen Rechte und fügte einige neue hinzu.

Während die slawische Burg verfiel, entwickelte sich die Kommune auf dem Petrihügel, dem heutigen Alten Markt; zwei weitere Siedlungskerne mit eigenem Rat(-haus) entstanden im Bereich des heutigen Neuen Marktes und des Universitätsplatzes. 1265 erfolgte die Vereinigung zur Gesamtstadt mit der Marienkirche und dem benachbarten Rathaus als Zentrum.

Rostock profitierte von seiner Lage an der südlichen Ostsee, vom Geschick der Kaufleute, vom Export der hier gebrauten Biere und der Mitgliedschaft in der "Hanse". Den finanziell stets klammen Landesherren kaufte man u. a. das Münzrecht und die Gerichtsbarkeit sowie attraktive Ländereien ab. Strategisch wichtige Punkte wie der Fischerort Warnemünde und die Hundsburg etwas südlich der Warnow-Mündung gelangten ebenso in Stadtbesitz wie die Rostocker Heide, ein ausgedehntes Waldgebiet.

Bereits um 1300 umschloss ein Mauerring mit Türmen und Toren die Stadt, in der schließlich 1419 die damals nördlichste Universität Europas öffnete. Mächtige Backsteinkirchen ragten in den Himmel und kündeten vom Rostocker Wohlstand.

Von dieser glücklichen Ära der Stadtgeschichte zeugen heute noch die Petri-, die Nikolai- und die Marienkirche sowie Reste der Stadtmauer und einige Stadttore. Ebenso erhalten sind Teile des einstigen St. Katharinenstifts und der Klosteranlage der Zisterzienserinnen. Zu den ältesten erhaltenen Profanbauten zählen u. a. das Kerkhoff-, das Krahnstöver- und das Hausbaumhaus. 

Weite Teile der mittelalterlichen Stadt gingen beim großen Stadtbrand 1677 verloren, durch den Rostock nach dem Niedergang der "Hanse" endgültig seine wirtschaftliche Potenz einbüßte. Zwar gelangte die Stadt ab Ende des 19. Jahrhunderts wieder zu einer gewissen Blüte; mit den Bombardements des 2. Weltkriegs wurden jedoch erneut große Teile der Innenstadt zu Ruinen. Ab den 1950er-Jahren baute man den Innenstadtkern neu auf, und auch erhaltene historische Substanz profitierte in den Jahren der DDR zum Teil von Rostocks Status als "Tor zur Welt". Trotzdem waren 1990 große Teile der historischen Innenstadt abgerissen oder in einem katastrophalen baulichen Zustand. 

Durch das Engagement der Stadt und privater Investoren sowie Dank millionenschwerer Förderprogramme sind heute die meisten Gebäude saniert, die Baulücken geschlossen und wertvolle Denkmäler erhalten.