Im Zuge der Reformation, die von den Wismarer Franziskanermönchen entschieden unterstützt wurde, entstand aus dem "Grauen Kloster" 1541 die Große Stadtschule – als evangelisch-lutherische Lateinschule. Die humanistisch-reformatorisch geprägte Schule wurde Mitte des 18. Jahrhunderts fast aufgelöst und verfiel zunächst, wurde aber als neuhumanistisches Gymnasium mit Bürgerschule wieder aufgebaut. Vom ehemaligen Kloster ist nicht mehr viel übrig: die baufällige Kirche – eine dreischiffige Hallenkirche mit polygonal geschlossenem Chor – wurde im 19. Jahrhundert abgerissen, außerdem beide Schlafhäuser. An ihrer Stelle wurde ab 1891 die heutige Stadtschule im neogotischen Stil errichtet. Bei Bau- und Restaurierungsarbeiten 1996 wurden Mauerreste und Knochen gefunden, die die Geschichte des Klosters und die Anordnung der einzelnen Klostergebäude bestätigen. Wo früher Chor, Teile der Kirche, Brauhaus und Küsterwohnung waren, sind heute die Sporthalle und ein Teil des Schulhofes. Unter dem Schulhof liegen auch die Fundamente der Kreuzgänge.